微生物實驗室應劃分獨立的潔凈區(qū)與活菌操作區(qū)，配備有相應的陽性菌實驗室、培養(yǎng)室、結果觀察區(qū)、前處理室、樣品接收儲藏室、標準菌儲藏室、污染物處理與文檔處理區(qū)等，并標有明確的標識。
微生物實驗室的各項工作在專屬的區(qū)域進行，防止交叉污染，以及假陽性與假陰性結果出現。
微生物限度室是用來檢查非規(guī)定滅菌制劑及其原料、輔料受微生物污染程度的場所。微生物檢查指物品中允許含規(guī)定合格范圍內的活的微生物�！吨袊幍洹�2010版附錄規(guī)定微生物檢查應在環(huán)境潔凈度10000級以下，局部潔凈度100級的單向層流空氣區(qū)域內進行。
大型設備：低溫冰箱、超凈工作臺、液氮罐，培養(yǎng)箱、干燥箱、恒溫水浴鍋、烘箱、生物安全柜，純水機、離心機等。小型設備：天平、顯微鏡、分光光度計、酸度計、電導儀和濁度儀、折光儀、雜質度過濾機等。其他：玻璃器皿、試劑（營養(yǎng)瓊脂、牛肉膏蛋白胨、氯化鈉、氫氧化鈉）等。
無菌檢查室的環(huán)境條件
無菌檢查室是用來檢查注射劑、用于無菌制劑中的原料、輔料的檢驗場所。以無菌保證水平（SAL）表述。因此，無菌室的環(huán)境十分關鍵，對樣品的檢測結果的準確性干擾很大�！吨袊幍洹�2010版附錄規(guī)定無菌檢查室的潔凈度要求，局部100級的單向層流空氣區(qū)域內，背景環(huán)境潔凈度10，000級。
設備：超凈工作臺、集菌儀
微生物實驗室管理
1、環(huán)境監(jiān)測
應定期對微生物實驗室的環(huán)境進行監(jiān)測，以確保環(huán)境處于受控狀態(tài)，包括沉降菌、浮游菌、塵埃粒子、設備表面監(jiān)測、高效過濾器檢漏，請參照相應的國家標準，設定適宜的監(jiān)測頻率進行環(huán)境監(jiān)測。
2、清潔消毒
微生物實驗室中無菌區(qū)域應盡量減少陰陽角，便于無菌室日常的擦拭消毒，無菌區(qū)所用的潔具應經滅菌處理，所用的水消毒應經除菌過濾，有菌區(qū)和無菌區(qū)的潔具不能共用，應在潔具顏色上加以區(qū)分。